Вы можете создать файл preferences.xml с глобальными настройками для нескольких сайтов, которые размещаются на одной копии движка и разместить его в корне сайта (DocumentRoot, на одном уровне с Admin, Bin, Sites, рядом с aliases.dat). Все настройки из этого файла будут иметь приоритет по отношению к настройкам в каждом конкретном сайте.
Наличие глобального файла настроек не отменяет необходимости каждому сайту иметь свой файл. Формат файла никак не отличается от стандартного.
Данный прием позволяет принудительно включать компрессию и кэширование на хостинге где установлено много сайтов, переопределять почтовые настройки для тестирования и т.д.